Pejzaž GWAS validacije; sistematski pregled koji identifikuje 309 validiranih nekodirajućih varijanti u 130 ljudskih bolesti.
BMC medical genomics
Sažetak istraživanja
Pozadina Izuzetan rast studija asocijacija na nivou genoma (GWAS) stvorio je kritičnu potrebu za eksperimentalnom validacijom varijanti povezanih sa bolešću, od kojih 90% uključuje nekodirajuće varijante.
Metode Da bismo utvrdili kako ova oblast rješava ovu hitnu potrebu, izvršili smo sveobuhvatan pregled literature identificirajući 36.676 članaka. Oni su smanjeni na 1454 članka kroz set filtera koji koriste obradu prirodnog jezika i rudarenje teksta zasnovano na ontologiji. Nakon toga uslijedilo je ručno kuriranje i unakrsne reference prema GWAS katalogu, dajući konačni set od 286 članaka.
Rezultati Identifikovali smo 309 eksperimentalno potvrđenih nekodirajućih GWAS varijanti, koje regulišu 252 gena u 130 osobina ljudskih bolesti. Ove varijante pokrivale su različite regulatorne mehanizme. Zanimljivo je da je 70% (215/309) djelovalo preko cis-regulatornih elemenata, dok je ostatak djelovalo kroz promotere (22%, 70/309) ili nekodirajuće RNK (8%, 24/309). U ovim studijama korišćeno je nekoliko pristupa validacije, uključujući ekspresiju gena (n = 272), vezivanje faktora transkripcije (n = 175), testove reportera (n = 171), in vivo modele (n = 104), uređivanje genoma (n = 96) i interakciju hromatina (n = 33).
Zaključci Ovaj pregled literature je prvi koji sistematski procjenjuje status i krajolik eksperimentiranja koji se koristi za validaciju nekodirajućih varijanti identificiranih GWAS-om. Naši rezultati jasno naglašavaju višestruki pristup potreban za eksperimentalnu validaciju, imaju praktične implikacije na određivanje prioriteta varijanti i razmatranje nominacije ciljnog gena. Iako polje ima dug put do validacije hiljada GWAS asocijacija, mi pokazujemo da je postignut napredak i pružamo primjere studija validacije koje pokrivaju širok spektar mehanizama, ciljnih gena i područja bolesti.
Prikaži originalni naslov i sažetak na engleskom
The landscape of GWAS validation; systematic review identifying 309 validated non-coding variants across 130 human diseases.
Background The remarkable growth of genome-wide association studies (GWAS) has created a critical need to experimentally validate the disease-associated variants, 90% of which involve non-coding variants.
Methods To determine how the field is addressing this urgent need, we performed a comprehensive literature review identifying 36,676 articles. These were reduced to 1454 articles through a set of filters using natural language processing and ontology-based text-mining. This was followed by manual curation and cross-referencing against the GWAS catalog, yielding a final set of 286 articles.
Results We identified 309 experimentally validated non-coding GWAS variants, regulating 252 genes across 130 human disease traits. These variants covered a variety of regulatory mechanisms. Interestingly, 70% (215/309) acted through cis-regulatory elements, with the remaining through promoters (22%, 70/309) or non-coding RNAs (8%, 24/309). Several validation approaches were utilized in these studies, including gene expression (n = 272), transcription factor binding (n = 175), reporter assays (n = 171), in vivo models (n = 104), genome editing (n = 96) and chromatin interaction (n = 33).
Conclusions This review of the literature is the first to systematically evaluate the status and the landscape of experimentation being used to validate non-coding GWAS-identified variants. Our results clearly underscore the multifaceted approach needed for experimental validation, have practical implications on variant prioritization and considerations of target gene nomination. While the field has a long way to go to validate the thousands of GWAS associations, we show that progress is being made and provide exemplars of validation studies covering a wide variety of mechanisms, target genes, and disease areas.
Izvorni podaci
- DOI
- 10.1186/s12920-022-01216-w
- PMID
- 35365203
- PMCID
- PMC8973751
- Provjereno
- 2026-07-26
Naslov i sažetak prevedeni su automatski i prijevod može sadržavati netačnosti ili neprecizne stručne izraze. Za sve detalje, citiranje i medicinsko tumačenje pregledajte originalnu englesku verziju članka. Ne donosite zdravstvene odluke samo na osnovu ovog prijevoda.
Pregledaj originalni članak na engleskom